实验室的设计要把控好危险源的防护水平，确保在可以控制的程度，防止环境受到危害；实验室防护区、辅助区的面积，要满足实验室设备、生物安全柜、超净工作台等仪器设备的安装、维护、使用、清洁等要求，在实验室布局上，也要预留足够的面积，可供大型仪器设备搬运要求，并为较特殊需求的设备布局好隔离、防震、排热、排湿等设施。

    生物安全二级实验室的墙面要光滑，容易清洁，地板要防滑，一般地板采用环氧地坪漆，或者PVC地板，不能随意采用地毯、毛毯。天花板也需要容易清洁，墙面、地面、天花都需要采用防渗漏、防腐蚀、耐用的材质。

    整个实验室的地板、墙壁、天花板交界处，采用内圆弧，做好阴阳角密封，不易积尘，容易清洁，实验室的实验台边角也需要圆滑封边，实验台面板需要防水，一般实验室都采用实芯理化板作为实验台面板，防腐蚀、耐高温、易清洁、耐承重等优点。

    生物安全二级实验室通风空调要根据实验室所在地区的气候，操作对象的危害程度、平面布置、风险评估结果等情况经技术经济比较后确定,并应采取有效措施避免污染和交叉污染。

    通风空调方式的设置应有利于实验室消毒灭菌、自动控制系统的设置和节能运行，针对实验室应依据风险评估、依据所操作病原微生物样本及材料的感染性及危害性选择自然通风或机械通风。

    有明确负压设计要求的房间应设置机械通风系统有负压要求的实验室其机械通风系统应独立于所在建筑的通风系统.以防止空气传播的感染因子。气态污染物或气味向其他工作区扩散。